Pembentukan LPPOM MUI didasarkan atas mandat dari Pemerintah/negara agar Majelis Ulama Indonesia (MUI) berperan aktif dalam meredakan kasus lemak babi di Indonesia pada tahun 1988. LPPOM MUI didirikan pada tanggal 6 Januari 1989 untuk melakukan pemeriksaan dan sertifikasi halal.

Untuk memperkuat posisi LPPOM MUI menjalankan fungsi sertifikasi halal, maka pada tahun 1996 ditandatangani Nota Kesepakatan Kerjasama antara Departemen Agama, Departemen Kesehatan  dan MUI.

Nota kesepakatan tersebut kemudian disusul dengan penerbitan Keputusan Menteri Agama (KMA) 518 Tahun 2001 dan KMA 519 Tahun 2001, yang menguatkan MUI sebagai lembaga sertifikasi halal serta melakukan pemeriksaan/audit, penetapan fatwa, dan menerbitkan sertifikat halal.

Dalam proses dan pelaksanaan sertifikasi halal, LPPOM MUI melakukan kerjasama dengan Badan Pengawasan Obat dan Makanan (Badan POM), Kementerian Agama, Kementerian Pertanian, Kementerian Koperasi dan UKM, Kementerian Perdagangan, Kementerian Perindustrian, Kementerian Kelautan dan Perikanan, Kementerian Pariwisata dan Ekonomi Kreatif serta sejumlah perguruan Perguruan Tinggi di Indonesia antara lain Institut Pertanian Bogor (IPB), Universitas Muhammadiyah Dr. Hamka, Universitas Djuanda, UIN, Univeristas Wahid Hasyim Semarang, serta Universitas Muslimin Indonesia Makasar.

Sedangkan kerjasama dengan lembaga telah terjalin dengan Badan Standarisasi Nasional (BSN), Kadin Indonesia Komite Timur Tengah, GS1 Indonesia, dan Research in Motion (Blackberry). Khusus dengan Badan POM, sertifikat halal MUI merupakan persyaratan dalam pencantuman label halal pada kemasan untuk produk yang beredar di Indonesia.

Kini, dalam usianya yang ke-30 tahun, LPPOM MUI menjadi Lembaga Sertifikasi Halal Pertama dan Terpercaya di Indonesia serta semakin menunjukkan eksistensinya sebagai lembaga sertifikasi halal yang kredibel, baik di tingkat nasional maupun internasional. Pada Tahun 2017 dan 2018 LPPOM MUI memperoleh Sertifikat Akreditasi SNI ISO / IEC 17025 : 2008 untuk Laboratorium Halal dan SNI ISO / IEC 17065 : 2012 dan DPLS 21 untuk Lembaga Sertifikasi Halal dari Komite Akreditasi Nasional (KAN). Standar ini tidak hanya diakui di Indonesia, namun juga diakui oleh Badan Akreditasi Uni Emirat Arab atau ESMA. 

Pada Januari 2019 LPPOM MUI, bekerja sama dengan berbagai pihak, telah membangun dan meresmikan laboratorium halal di dua lokasi, yakni di kawasan industry Modern Cikande, Banten, dan di kawasan Deltamas, Cikarang Jawa Barat. Laboratorium halal tersebut diharapkan dapat semakin meningkatkan layanan LPPOM MUI kepada kalangan industry yang memerlukan jasa laboratorium.

Sistem sertifikasi dan sistem jaminan halal yang dirancang serta diimplementasikan oleh LPPOM MUI telah pula diakui bahkan juga diadopsi oleh lembaga-lembaga sertifikasi halal luar negeri, yang kini mencapai 45 lembaga dari 26 negara.

LPPOM MUI sudah terbentuk di berbagai Provinsi di Indonesia salah satunya Provinsi Bangka Belitung  yang pada tanggal 13 januari 2016 Resmi dikukuhkan oleh Direktur LPPOM MUI Pusat Dr. Lukmanul Hakim, M.Si. Pengurus yang dilantik berjumlah sekitar 40 orang.   Dalam waktu singkat dibentuk pada awal tahun 2016 sudah beberapa IKM (Industri Kecil Menengah) yang sudah mendapatkan serifikasi Halal serta mendukung keberadaan produk local yang akan bersaing dalam pasar bebas Masyarakat Ekonomi Asean (MEA).  Dengan kerja keras yang terbangun maka Bangka Belitung Mendapatkan Halal Award Tahun 2017 dalam ketegori Pemerintah Provinsi Halal Terbaik.  (***)